工程支付保函备案是指发包人在招标文件中要求投标人提供的保证金，在中标人中标后将中标保函提交给发包人进行备案。发包人对中标保函进行备案后，中标保函即具有法律效力，如果中标人因故不能签订合同或履约，发包人可以凭中标保函向开证银行索赔，以弥补其损失。
招标文件中应当明确需要投标人提供的保证金的种类、金额、有效期等内容。发包人一般会要求投标人提供投标保函或履约保函，并对保函开具机构、开具时间、有效期等内容做出具体规定。
中标人中标后，应当按照招标文件的规定向发包人提交中标保函，中标保函应当符合招标文件的要求。发包人收到中标保函后，应当及时对保函进行审查并进行备案。
发包人对中标保函进行备案的程序如下：
审查保函是否符合招标文件的规定，包括保函的种类、金额、有效期、开具机构等是否符合要求。 与开证银行联系，核实保函的真伪并了解保函的履约情况。 对保函进行备案，包括将保函的详细信息录入系统、将保函原件或复印件存档等。发包人备案保函后，中标保函即具有法律效力。如果中标人因故不能签订合同或履约，发包人可以凭中标保函向开证银行索赔，以弥补其损失。
发包人备案保函时，需要提供以下材料：
中标通知书 中标保函 投标人营业执照副本 项目合同草案（初稿） 其他相关材料（如发包人要求的）发包人在备案工程支付保函时，应当注意以下事项：
仔细审查保函的有效期，确保备案前保函尚未过期。 与开证银行核实保函的真伪并了解保函的履约情况。 妥善保管保函原件或复印件，以及相关备查资料。 及时向开证银行索赔，保障发包人的利益。工程支付保函备案的期限一般为招标文件中约定的时间，通常为中标通知书发出之日起30天内。
发包人未备案保函，中标保函不具有法律效力，如果中标人因故不能签订合同或履约，发包人无法向开证银行索赔。
投标人提供的保函被拒收，可能是因为保函不符合招标文件的要求或保函存在瑕疵。投标人应当及时与发包人沟通，了解拒收原因并改正错误。
发包人对保函有异议，应当及时与开证银行联系，核实保函的真伪并了解保函的履约情况。如果保函存在问题，发包人可以拒绝备案或向开证银行提出索赔。
